Engizisyon kelimesinin Türkçe karşılığı soruşturmadır.  Orta çağ Bati ülkelerinde kurulan Engizisyon mahkemeleri Katolik kilisesi tarafından kurulmuştur.  Katolik ve Protestanlık mezhebine sahip Hristiyanlık, bu iki mezhep arasında çatışmanın çıkmasına neden olmaktadır.  Katolik mezhebi, Protestanlık mezhebine kıyasla daha katı ve sert kurallara tabidir.

Avrupalılar için bir kara leke olan Engizisyon mahkemeleri ilk defa 1231 yılında Papa IX.Gregorius tarafından kuruldu. Mahkemenin kurulmasının amacı Hristiyanlık ilkelerine karşı gelenlerin cezalandırılması, Katolik mezhebine karşı gelenleri ise sapkın olarak suçlamaktı.  Çünkü dine isyan etmek devlete isyan etmekle eş değer görülüyordu.

İspanya’da 1483 yılında yeni bir engizisyon mahkemesi kurularak Yahudiler, Müslümanlar, Ortodokslar dinleri yüzünden suçlanarak vahşice idam edildi.  Hristiyan dinine mensupmuş gibi davranan Yahudileri ihbar yoluyla bularak cezalandıran mahkeme, o dönemde totaliter bir yapıya sahipti.

Mahkeme tarafından halka Katolik mezhebine sahip olmayanları ihbar etmeleri şu sözlerle salık verilmişti.

“Eğer Musa’nın şeriatına göre Şabat tutan herhangi bir kimseyi tanıdınız veya duyduysanız; Cumartesi günleri Yahudilere mahsus şekilde temiz kıyafetler giyinip Yahudi bayram günlerinde masalarına temiz örtüler, yataklarına temiz çarşaflar seren, Cuma akşamından itibaren ışıklarını söndüren, yiyecekleri eti suda iyice temizleyip kanını akıtan ya da yedikleri sığır veya kuşun boğazını keserek öldüren; bu esnada bazı sözler söyleyerek kanı toprakla örten, et yenilmesi yasaklanan Paskalya perhizinde veya başka kutsal günlerde et yiyen, ölüm döşeğinde duvara doğru dönen ve öldüğünde kişiyi yıkayıp vücudundaki tüm kılları kesen birilerini tanıyorsanız mutlaka ihbar edin.”

Engizisyon mahkemelerinde avukat bulunmuyordu, sorgulayıcı kurul, noter ve yetkisi yüksek yargıçlar mahkemeleri yürütüyordu.  Engizisyon mahkemelerinde sorgulanan kişilere suçları itiraf edilene kadar vahşice işkence ediliyor, zulüm had safhalara ulaşıyordu.  Diri diri yakmaktan, yırtıcı hayvanların önüne atmaktan, Böğüren Boğa metoduyla metal bir boğanın içine atılıp alttan ateş yakarak acıyı en yükseğe çıkarmaya kadar çeşitli işkenceler bulunuyordu.

İşkenceden sağ kurtulanlar halkın gözü önünde infaz edilerek, halkın mahkemeden korkması sağlanıyordu.  Müebbet cezası alanların ise mallarına el koyularak ailesi ve yakınları yoksulluğa terdi ediliyordu.

Avrupa’nın kara lekesi olarak tasvir edilen Engizisyon mahkemeleri bir çok katliam düzenleyerek, canice Katolik olmayanları cezalandırmıştır.  Orta çağdaki Avrupa’nın kara günlerini temsil eden Engizisyon mahkemeleri matbaanın yaygınlaşması, halkın din konusunda bilinçlenmesiyle mahkeme ve Papa’ya olan bağlılık sorgulanmaya başlanmıştır.

Mahkemelerin kaldırılması ise 1807 yılından başlayarak 1820 yılına kadar sürmüştür.  Kapatılan en son engizisyon mahkemesi Portekiz’dedir.