Moleküler yapı, bir molekülün atomları arasındaki bağları ve bu bağların düzenlenme şeklini tanımlayan bir terimdir. Moleküler yapılar genellikle kimyasal bağlar ve atomların düzenlenmesiyle belirlenir. Örnekler şunları içerebilir:

1. Su Molekülü (H2O): İki hidrojen atomunun bir oksijen atomuna kovalent bağlarla bağlandığı molekül.
2. Metan (CH4): Bir karbon atomunun dört hidrojen atomuna kovalent bağlarla bağlandığı basit bir hidrokarbon molekülü.
3. Karbon Dioksit (CO2): Bir karbon atomunun iki oksijen atomuna çift kovalent bağlarla bağlandığı molekül.
4. Amonyak (NH3): Bir azot atomunun üç hidrojen atomuna kovalent bağlarla bağlandığı molekül.

Bu moleküllerin her biri, atomlar arasındaki bağların türüne ve molekülün üç boyutlu yapısına bağlı olarak özgün fiziksel ve kimyasal özelliklere sahiptir.