Engizisyon işkencesi, tarih boyunca özellikle Orta Çağ’da Engizisyon Mahkemeleri tarafından uygulanan, suçlu olduğu iddia edilen kişiler üzerinde yapılan ağır fiziksel ve psikolojik işkence yöntemlerini ifade eder. Bu işkenceler genellikle suçlunun itirafını veya suçunu kabul etmesini sağlamak amacıyla kullanılırdı. Engizisyon Mahkemeleri, genellikle dini suçlar veya sapkın inançlar gibi suçlamalarla ilgili olarak faaliyet gösterirdi ve bu mahkemelerce işkence sıkça kullanılırdı.