Künefe yapımında kullanılan peynir genellikle tel şehriye gibi ince doğranmış peynirlerden oluşur. En yaygın kullanılan peynirler arasında Hatay yöresine özgü Hatay peyniri ve Gaziantep yöresine özgü Antep peyniri bulunmaktadır. Hangisinin “en iyi” olduğu tamamen kişisel tercihlere ve damak zevkine bağlıdır. Kimi insanlar Hatay peynirinin daha yumuşak ve kremsi dokusunu tercih ederken, bazıları Antep peynirinin daha yoğun ve tuzlu tadını tercih edebilir. Her ikisi de künefe için uygun seçeneklerdir ve lezzet konusunda tercih size kalmıştır.