Amazon Havzası, ekvatoral bir bölgede yer aldığından, tropikal iklimi ile bilinir. Bu bölge yıl boyunca sıcak ve nemlidir. Ortalama sıcaklık genellikle 25-27°C arasında değişir. Yüksek nem oranı ve bol yağış ile karakterizedir; yıllık yağış miktarı genellikle 2000-3000 mm civarındadır ve yıl boyunca düzensiz bir şekilde dağılır. Bu iklim, yoğun yağmur ormanlarının oluşumunu destekler ve biyoçeşitliliği zenginleştirir.