Gümrük Müsteşarlığı, 2011 yılında 640 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile Gümrük ve Ticaret Bakanlığı’nın bir parçası haline getirildi. Daha sonra, 2018 yılında yapılan idari değişikliklerle Ticaret Bakanlığı bünyesine katıldı. Bu süreçte Gümrük Müsteşarlığı’nın işlevleri ve görevleri Ticaret Bakanlığı tarafından yürütülmeye başlandı.